La realizzazione di «Carta della Natura» rientra nei compiti istituzionali dell'ISPRA e le sue finalità sono dettate dall'articolo 3, della «Legge Quadro sulle Aree Protette», n. 394 del 1991 che, testualmente recita: «Carta della Natura individua lo stato dell'ambiente naturale in Italia, evidenziando i valori naturali ed i profili di vulnerabilità territoriale».
  È la stessa legge a fornire indicazioni chiare sui suoi requisiti fondamentali che si indentificano nel riferimento all'intero territorio nazionale e nelle finalità atte a conoscere lo stato dell'ambiente naturale del Paese e a valutare i profili di qualità e vulnerabilità territoriali, sempre da un punto di vista naturalistico-ambientale.
  Carta della Natura è, quindi, un Sistema Informativo Territoriale, i cui elaborati cartografici sono consultabili e gestibili tramite strumenti hardware e software di uso comune, che si poggia su due basi: la carta delle unità ambientali omogenee e una serie di indici e di indicatori che ne descrivono lo stato in termini di qualità e vulnerabilità.
  A tal fine, il progetto di cui trattasi è stato impostato come un sistema multiscalare strutturato a differenti dettagli cartografici: 1:250.000; 1:50.000; 1:10.000.
  In particolare, la scala 1:250.000, si prefigge di descrivere i sistemi di paesaggio italiani e l'unità ambientale omogenea di questo dettaglio è l’«unità fisiografica di paesaggio».
  Quella 1:50.000, di maggiore utilità per la pianificazione territoriale, nazionale e regionale, ha come finalità quella di evidenziare la distribuzione degli «habitat» sul territorio italiano. L'apposito sito, costantemente aggiornato, contiene tutte le informazioni necessarie su Carta della Natura e relativi documenti di riferimento. L'unità ambientale omogenea di questo dettaglio è il biotopo. In questo caso i prodotti cartografici consistono nella «Carta degli habitat» e negli indicatori ed indici di valutazione associati ai biotopi oggetto di analisi. La realizzazione di questa cartografia iniziata nel 2004, ha visto il completamento dei lavori in 12 regioni, ossia Valle d'Aosta, Liguria, Veneto, Friuli Venezia Giulia, Sardegna, Umbria, Lazio, Molise, Abruzzo, Puglia, Basilicata e Sicilia (mentre proseguono i lavori per le rimanenti) e i parchi ivi ubicati, possono avvalersi di tale strumento che non è precluso a nessun tipo di utente.
  Tali scale (1:250.000 e 1:50.000), sono disponibili in formato vettoriale, liberamente utilizzabili e visualizzabili sul web GIS ISPRA. Inoltre, i dati possono essere ottenuti tramite richiesta con modulo on-line.
  Diversamente dalle altre scale, quella 1:10.000, ha come obiettivo lo studio di dettaglio degli habitat di una particolare area e non prevede la copertura dell'intero territorio nazionale, ma solo un utilizzo per particolari esigenze di studio di aree rilevanti dal punto di vista naturalistico-ambientale e/o per richiesta specifica di Enti Locali. Ad oggi sono state rilevate tre aree campione.
  Oltre ai dati cartografici, Carta della Natura raccoglie anche documenti tecnici contenenti descrizioni degli habitat italiani e le corrispondenze dei codici in utilizzo, con le altre nomenclature internazionali vigenti. Ausili, questi, particolarmente utili nel caso di attività inerenti l'attuazione della Direttiva Habitat.
  Dal 2011, ad integrazione dei dati sugli habitat è stata avviata la realizzazione di una banca dati vegetazionale georiferita, che funziona come documentazione a supporto per la realizzazione e a validazione dei dati inseriti. La banca dati è frutto del confronto e della collaborazione con esponenti del mondo dell'accademia e studiosi italiani ed europei.
  L'intero impianto di realizzazione di Carta della Natura si pone, quindi, tra i progetti cartografici all'avanguardia a livello internazionale, come riportato anche in un recente studio condotto dal Centro Tematico Europeo sulla Biodiversità dell'Agenzia Europea dell'Ambiente sui progetti di cartografia degli habitat che si svolgono negli Stati Membri dell'Unione europea.
  I dati del sistema sono di primaria importanza per tutte le azioni per le quali è necessario possedere una conoscenza omogenea ed estesa del territorio, con specifico riferimento all'ambiente naturale, ai suoi elementi di valore e alla sua fragilità, rappresentando uno strumento per la Governance di livello nazionale e regionale e per altri molteplici utilizzi.
  Circa la tempistica richiesta per la completa elaborazione e diffusione di Carta della Natura, essa è strettamente correlata alle risorse che saranno messe a disposizione, visto che dal 2008 l'ISPRA conduce i lavori in autonomia stante la mancanza di fondi per avviare collaborazioni con enti locali o università.
  Per quanto concerne la spesa ad oggi sostenuta per l'elaborazione di questo documento, si segnala che i 5 miliardi di vecchie lire, assegnati dalla legge n. 394 del 1991, sono stati spesi dall'ex Dipartimento dei Servizi Tecnici Nazionali, per sostenere la fase iniziale sperimentale del progetto, promosso stipulando convenzioni con diverse Università, a partire dal 1997 e fino al 2002. Il risultato conseguito è stato lo sviluppo dell'intero impianto metodologico del Sistema Carta della Natura.
  Dopo il 2002 l'ISPRA ha proseguito i lavori, stipulando convenzioni con Amministrazioni Regionali e Agenzie Regionali per l'Ambiente (ARPA) attingendo dal proprio bilancio circa 1.400.000 euro.
  Con riguardo alla citata soppressione del Comitato per le Aree protette e trasferimento delle relative funzioni alla Conferenza Stato-Regioni, si segnala che molte amministrazioni regionali, avendo riconosciuto l'utilità delle strumento «Carta della Natura», lo hanno sostenuto economicamente, unitamente anche a soggetti terzi.